辣椒虽然富含营养，又有重要的药用价值，但食用过量危害人体健康。
因为过多的辣椒素会强烈刺激胃肠黏膜，使其高度充血、蠕动加快，引起胃痛、腹痛、腹泻并使肛门烧灼刺痛，诱发胃肠疾病，诱发痔疮出血。因此，凡患食管炎、胃肠炎、胃溃疡以及痔疮等病者，均应少吃或忌食辣椒。由于辣椒的性味是大辛大热，
因此，牙痛、喉痛、咯血、疮疖等火热病症，或阴虚火旺的高血压病、肺结核病，也应慎食。
另外，从中医角度讲，瘦人多属阴虚和热性体质，这一类人常常表现为咽干、口苦、烦躁易怒，如多吃辣椒，不仅会使上述症状加重，且容易导致出血、过敏和炎症，严重时还会发生疮痈感染等。